（一）國際階段

1．提出申請

申請人可以在中國在先申請的申請日（優先權日）起12個月內以中文向中國國家知識產權局提出PCT國際申請，并要求中國的優先權，無需提交優先權證明文件。

2．受理專利申請和對專利進行專利性審查

PCT專利申請人在申請的同時就要指定該申請將在哪些成員國有效，這些被指定的國家稱為"指定國"。

中國專利局作為PCT受理局認為專利申請文件和專利申請手續完備的，即確定國際申請日。國際申請日表示自該申請日起，PCT國際申請在每一個"指定國"具有相當于正規的國內申請的效力，該申請日也成為在該指定國的實際申請日。

PCT受理局將對國際PCT申請的文件進行形式審查，審查合格后則將國際PCT申請文件分別送交世界知識產權組織國際局和國際檢索單位。

3．國際檢索

PCT專利申請提交后，在規定的時間內，中國專利局作為國際檢索單位將對PCT專利申請進行檢索，并做出國際檢索報告。該檢索報告在規定的時間內將盡快送交PCT專利申請人和世界知識產權組織國際局。

自國際申請日（或優先權日）起滿18個月后，國際局將公布PCT國際專利申請和國際檢索單位做出的檢索報告，并將該申請連同檢索報告送交該PCT專利申請要求的"指定國"的專利局。

申請人可根據以上的檢索報告，對其專利申請文件進行修改。

4．提出國際初步審查請求。

申請人應在申請同時或在自優先權日起19個月內提出國際初審請求，并交納審查費。

5．國際初步審查

《專利合作條約》規定，國際初步審查程序不是強制性的。參加條約的國家如果是受PCT第二章約束的，其申請人可以請求國際初步審查單位對其申請進行國際初步審查。

國際初步審查的目的是為了就發明是否具有新穎性、創造性和實用性提出初步的意見。該審查意見對各個指定國沒有任何約束力。但是，PCT規定的標準是當前國際上通用的標準,而且該審查意見是由為數不多的國際初步審查單位在國際檢索的基礎上做出的,所以該報告應當是比較可靠和可以依賴的。

在參加《專利合作條約》時，有些國家不受PCT第二章約束。申請人請求國際初步審查時，只能從受PCT第二章約束的指定國中選定一些使用國際初步審查結果的國家，這些國家被稱為"選定國"。

中國專利局作為國際初步審查單位對國際申請進行審查后，將提出國際初步審查報告送交世界知識產權組織國際局并由國際局轉交申請人，同時國際局還將國際初步審查報告送交該申請的"選定國"。

國際初審單位出據國際初審報告，申請人可根據該報告對其專利申請文件進行修改。

（二）國家階段

申請人可在自優先權日起30個月屆滿前選擇PCT成員國，并向該國專利局申請其國家專利，即：進入該國的國家階段。

PCT國際申請進入國家階段時，須要將申請文件翻譯為申請國的官方語言，其主要程序與在國內申請專利相同，即包括：申請進入、公布、實質審查、授權等程序。對于實用新型，大多數國家無須實質審查即可授權；有些國家沒有實用新型專利，如：美國、加拿大、英國等，在這些國家只能申請發明專利。

雖然國家階段的費用與單獨在各個國家申請國家專利的費用差不多，但是其優點是可以將優先權期限從12個月延長到30個月向其成員國申請國家專利(有些國家或地區可延至31個月)，使申請人有更多的時間來決定進入哪些國家申請相同主題的專利，并根據檢索報告和初審報告修改專利申請文件，以滿足發明創造的新穎性、創造性和專利性。

完成進入不同國家的國家階段的工作后，申請人則擁有不同國家的專利，他們相互獨立，每一項都需要繳納年費。